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• 教育部高原区域性高发肿瘤国际合作联合实验室
• 国家卫健委毒品依赖和戒治重点实验室
• 教育部高原光损伤性皮肤病防治省部共建协同创新

省级重点实验室

• 云南省天然药物药理重点实验室
• 云南省干细胞与再生医学重点实验室
• 云南省肺癌重点实验室
• 云南省检验医学重点实验室
• 云南省口腔医学重点实验室
• 云南省公共卫生与生物安全重点实验室

省级国际合作研究基地

• 昆明医科大学神经退行性疾病与干细胞国际联合研究中心
• 云南省高发肺癌防治研究国际科技合作基地
• 云南省热带传染病示范性国际科技合作基地
• 云南省滇美分子药物国际联合研究中心
• 输入性疟疾监测国际合作基地

省级产业技术创新战略联盟

• 云南实验动物产业技术创新战略联盟

院士专家工作站

• 院士工作站
• 专家工作站

省高校重点实验室

• 云南省高校神经科学重点实验室
• 云南省高校黑色素瘤综合治疗重点实验室
• 云南省高校营养与食品安全重点实验室
• 云南省高校脓毒症脑调控重点实验室
• 云南省高校药学重点实验室
• 云南省高校肠道菌群与脑损伤重点实验室
• 云南省高校热带传染病重点实验室
• 云南省高校干细胞治疗技术临床转化与基础研究重点实验室
• 云南省高校颌面肿瘤与组织再生及微生态生物学重点实验室

省高校工程研究中心

• 云南省高校生物医学工程研究中心
• 云南省高校干细胞与再生医学工程研究中心
• 云南省高校外科重大疾病诊治工程研究中心
• 云南省高校女性盆底疾病诊疗工程研究中心
• 云南省高校康复医学工程研究中心
• 云南省高校人类重大疾病动物模型建立及应用工程研究中心
• 云南省高等学校法医学工程研究中心
• 云南省高校云南特色植物多糖工程研究中心

• 云南省医疗改革与健康社会科学研究基地
• 云南省卫生政策研究中心
• 云南省药物政策研究中心
• 健康云南发展智库