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我校自1979年开始招收培养研究生，1981年被国务院学位委员会批准为全国首批硕士学位授权单位，1998年被国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，并获得普通外科学三级学科博士学位授权，2000年获外科学二级学科博士学位授权，2000年开始临床医学硕士专业学位工作，2004年开始口腔医学硕士专业学位工作，2009年开始公共卫生硕士专业学位工作，2010年获临床医学一级学科博士学位授权，2014年获应用心理学、药学和护理学专业学位点授权，2018年获基础医学和药学一级学科博士学位授权、临床医学博士专业学位授权、医学技术一级学科硕士学位授权，2021年获公共卫生和口腔医学一级学科博士学位授权、口腔医学博士专业学位授权。目前，我校有5个一级学科博士学位授权点（基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学），8个一级学科硕士学位授权点（生物学、基础医学、临床医学、口腔医学、公共卫生与预防医学、药学、护理学、医学技术），2个博士专业学位授权点（临床医学、口腔医学），6个硕士专业学位授权点（应用心理、临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学），涵盖理学、医学、管理学等学科门类。我校同时还还开展同等学力申请硕士学位工作。目前学校拥有省级研究生教育创新联合培养基地3个，省级专业学位研究生联合培养基地2个，二级研究生培养单位30个，有硕士研究生导师1141名，博士研究生导师276名，在校研究生4000余人。培养的万余名高级医学人才扎根边疆，服务基层，为云南医药卫生事业和经济社会发展做出了卓越贡献。

学校不断深化学术学位和专业学位研究生培养模式改革。科教融合，大力提升学术学位知识创新能力；医教融合着力培养专业学位研究生创实践创新能力。逐步推进临床医学博士专业学位研究生培养与专科医师培训衔接。全面实现临床（口腔）医学硕士专业学位研究生培养与住院医师规范化培训接轨。以培养目标和学位学位授予要求作为学校课程建设规划的根本依据，增加跨学科类、方法类、研讨类、实践类课程。以一级学科学位授权点为单元开发公共课程，以研究方向及领域开发专业课程。加强信息技术手段在课程建设中的运用，构建线上线下共建的运行模式。与上海交通大学医学院、中国医学科学院阜外医院等高水平院校建立了联合培养机制。举办系列实践和科研技能大赛，荣获首届全国影像医学专业研究生临床能力展示赛一等奖、多次在全国医科院校研究生院联盟研究生论坛、西部地区药学研究生创新学术论坛上获得佳绩。